La phycocyanine est une couleur bleu clair caractéristique, absorbant la lumière orange et rouge, en particulier près de 620 nm (selon le type spécifique), et émet une fluorescence à environ 650 nm (également selon le type). L'allophycocyanine absorbe et émet à des longueurs d'onde plus longues que la phycocyanine C ou la phycocyanine R.